В 16 веке на территории монастыря активно велась хозяйственная деятельность (в основном за счёт солеварения), возводились каменные постройки. В середине 16 века был построен кирпичный завод, воздвигнуты Успенская трапезная церковь (1552-1557), Спасо-Преображенский собор (1558-1566), Никольская церковь (1577-1584), Благовещенская надвратная церковь (1596-1601). В 1582-1596 годах вокруг монастыря была сооружена крепость с пятью башнями из валунов, кирпича и извести.
С 18 по начало 20 века Соловецкий монастырь был крупнейшим паломническим и хозяйственным центром.
После окончания Гражданской войны на Соловках был создан Соловецкий лагерь особого назначения под управлением ОГПУ (СЛОН ОГПУ). Первая большая партия заключённых прибыла на Соловки в июне 1923 года. Заключённые занимались принудительным трудом как на Соловецких островах, так и на материке.
В январе 1967 года на Соловках был организован филиал краеведческого музея, который в 1974 году был преобразован в Соловецкий историко-архитектурный и природный музей-заповедник. В 1992 году историко-культурный ансамбль Соловецких островов был включён в Список памятников Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО, а в 1995 году – внесён в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов РФ.
25 октября 1990 года Синод РПЦ принял решение об открытии Соловецкого монастыря. Монастырь получил статус ставропигиального, те подчиняется напрямую Патриарху Московскому и Всея Руси. Сейчас число братии составляет около 60 человек.
Соловецкий архипелаг усеян таинственными сооружениями, оставленными людьми каменного века. Самые знаменитые неолитические памятники Соловков - "лабиринты". Их назначение до сих пор остается загадкой для археологов. Особенно богат неолитическими сооружениями Большой Заяцкий остров, где на небольшой территории представлены десятки загадочных "лабиринтов", каменных груд и других неолитических выкладок. "Лабиринты" - невысокие закругленные наземные сооружения, выложенные из небольших по размерам булыжников, по форме напоминающие спираль. Характерно, что "лабиринты" имеют один вход и выход. Следуя по дорожке между камнями, человек, не пересекая барьера, через некоторое время выходит на то место, откуда он начал движение.
Подобные памятники помимо Соловецких островов встречаются в Карелии и Мурманской области, в странах Северной Европы - Финляндии, Швеции и Норвегии, свидетельствуя о единых истоках культуры племен, заселявших эти территории. Среди ученых до сих пор нет единства мнений о назначении этих сооружений.
Значительное количество сохранившихся неолитических памятников свидетельствует о терпимости монахов к непонятным для них языческим сооружениям. Но утверждались и новые, христианские, символы. Еще при Филиппе Колычеве множество деревянных крестов стояло здесь на каменных насыпях в память о людях, погибших в море или чудом спасшихся от буйства морской стихии. До начала XX столетия обетные и поклонные кресты, сменяя друг друга, были характерным мотивом пейзажа Заяцкого острова.
